Smith et al. (2006)的蕨類植物新分類法

資料來源:  維基百科 "蕨類植物" 詞條, 2017.

蕨類植物的演化和分類

依據蕨類植物的化石記錄，其首先出現的時期是泥盆紀早期。而到了三疊紀時，和一些現今的科有關的蕨類首次地出現了。「蕨類尖峰」則是出現在白堊紀晚期，當時有許多蕨類植物現今的科首先出現。

蕨類植物傳統上是被歸類在蕨綱（Filices）裡的，但現代的分類法則是將其置於植物界的一門－蕨類植物門（Pteridophyta）內。

傳統上，有三個植物類群被認為是蕨類：兩個厚囊蕨類－瓶爾小草科Ophioglossaceae（瓶爾小草屬、陰地蕨屬和蕨萁屬）和合囊蕨科Marattiaceae，以及薄囊蕨類。合囊蕨科是赤道蕨類的主要類群，有著肥大的地下莖，且被認為是蕨類主要類群－薄囊蕨類的近親。而還有其他一些的植物類群被認為是「擬蕨」：石松、卷柏、石松門裡的水韭、松葉蕨科裡的松葉蕨和木賊科裡的木賊。但是，較現代的基因研究卻顯示，石松門和任何其他的維管植物之間都只是遠遠地關連著，是由維管植物分支的基底演化伸展出去的。而松葉蕨與木賊則和瓶爾小草跟合囊蕨一樣是「真正的」蕨類。事實上，松葉蕨和瓶爾小草毫無疑問地是一個分支，而木賊跟合囊蕨則可以認為是另一個分支。

處理此一情形的一種可能方法是只將薄囊蕨類視為「真正的」蕨類，而將其他三個類群視為「擬蕨」。而在實際上，也已有數個分類法在規劃著，並已有了少許的共識。由 Smith et al. 於2006年提出的新分類法是基於現代基因系統學研究，加上形態學的資料所規劃出來的分類法。此一分類法將蕨類植物分成五個綱：
松葉蕨綱 Psilotopsida
木賊綱 Equisetopsida
合囊蕨綱 Marattiopsida
真蕨綱 Polypodiopsida
枝蕨綱 Cladoxylopsida

真蕨綱包含著大多數主要被視為蕨類的植物。現今的研究支持以前基於形態學，將紫萁科認為是由薄囊蕨類演化史早期分支出來的一科；在某種意義上，這一科是介於厚囊蕨類和薄囊蕨類的中間位置上。

下列為 Smith et al. 所提出的完整分類架構：

松葉蕨綱 Psilotopsida
瓶爾小草目 Ophioglossales

• 瓶爾小草科 Ophioglossaceae（包含陰地蕨科 Botrychiaceae、七指蕨科 Helminthostachyaceae）

松葉蕨目 Psilotales

• 松葉蕨科 Psilotaceae（包含二囊松葉蕨科 Tmesipteridaceae)

木賊綱 Equisetopsida
木賊目 Equisetales
Archaeocalamitaceae

• 蘆木科 Calamitaceae

Phyllothecaceae

• 木賊科 Equisetaceae

楔葉目 Sphenophyllales
歧葉目 Hyeniales
飄葉目 Neoggerathiales
Pseudoborniales

合囊蕨綱 Marattiopsida
合囊蕨目 Marattiales

• 合囊蕨科 Marattiaceae（包含蓮座蕨科 Angiopteridaceae、天星蕨科 Christenseniaceae、多孔蕨科 Danaeaceae、Kaulfussiaceae）

真蕨綱 Pteridopsida
紫萁目 Osmundales

• 紫萁科 Osmundaceae

膜蕨目 Hymenophyllales

• 膜蕨科 Hymenophyllaceae（包含Trichomanaceae)

裏白目 Gleicheniales

• 裏白科 Gleicheniaceae（包含Dicranopteridaceae、羽葉裏白科 Stromatopteridaceae）
• 雙扇蕨科 Dipteridaceae（包含燕尾蕨科 Cheiropleuriaceae）
• 馬頓蕨科 Matoniaceae
• 沙草蕨目 Schizaeales
• 海金沙科 Lygodiaceae
• 密穗蕨科 Anemiaceae（包含Mohriaceae）
• 沙草蕨科 Schizaeaceae

槐葉蘋目 Salviniales

• 蘋科 Marsileaceae（包含Pilulariaceae）
• 槐葉蘋科 Salviniaceae（包含滿江紅科 Azollaceae）

桫欏目 Cyatheales

• 傘序蕨科 Thyrsopteridaceae
• 偏環蕨科 Loxomataceae
• 墊囊蕨科 Culcitaceae
• 瘤足蕨科 Plagiogyriaceae
• 金毛狗蕨科 Cibotiaceae
• 桫欏科 Cyatheaceae（包含Alsophilaceae、Hymenophyllopsidaceae）
• 蚌殼蕨科 Dicksoniaceae（包含毛囊蕨科 Lophosoriaceae）
• 蚌沙蕨科 Metaxyaceae

水龍骨目 Polypodiales

• 鱗始蕨科 Lindsaeaceae（包含Cystodiaceae、Lonchitidaceae）
• 袋囊蕨科 Saccolomataceae
• 碗蕨科 Dennstaedtiaceae（包含姬蕨科 Hypolepidaceae、稀子蕨科 Monachosoraceae、蕨科 Pteridiaceae）
• 鳳尾蕨科 Pteridaceae(包含鹵蕨科 Acrostichaceae、輻射蕨科 Actiniopteridaceae、鐵線蕨科 Adiantaceae、Anopteraceae、車前蕨科 Antrophyaceae、水蕨科 Ceratopteridaceae、Cheilanthaceae、珠蕨科 Cryptogrammaceae、裸子蕨科 Hemionitidaceae、Negripteridaceae、水蕨科 Parkeriaceae、Platyzomataceae、中國蕨科 Sinopteridaceae、竹葉蕨科 Taenitidaceae、書帶蕨科 Vittariaceae）
• 鐵角蕨科 Aspleniaceae
• 金星蕨科 Thelypteridaceae
• 岩蕨科 Woodsiaceae（包含蹄蓋蕨科 Athyriaceae、Cystopteridaceae）
• 烏毛蕨科 Blechnaceae（包含光葉藤蕨科 Stenochlaenaceae)
• 球子蕨科 Onocleaceae
• 鱗毛蕨科 Dryopteridaceae（包含叉蕨科 Aspidiaceae、實蕨科 Bolbitidaceae、[蕨科] Nephrolepidaceae)
• 三叉蕨科